為了前去馬祖旅遊做功課的過程中，很多人可能都會好奇福建省地區的馬祖列島為何要改名字叫連江，想了解這當中的的歷史由來。實際上對於台灣島上的民眾而言，馬祖的名稱可能比起連江更要來得習慣，但是連江的名稱其實比起馬祖要來得更加正統。
關於「馬祖」名稱的由來，連江縣志第一冊提及宋太祖建隆元年（公元九六年），福建省興化府莆田縣湄州島東螺村漁民林愿六女林默娘，因其父捕魚罹難，投海負父屍漂流南竿塘，鄉人感其孝行足式，厚葬立廟祭祀，尊之為「媽祖」，並以之為列島名，後世為避諱乃改稱「馬祖」。
在連江縣志《政事志》中亦有記載關於連江與馬祖名稱使用的歷史淵源，包括：
- 民國38年9月1日國軍進駐，成立馬祖指揮部，次年設馬祖區公所於山隴，轄南、北竿兩鄉。同年12月15日，改設馬祖行政公署，下轄南竿、北竿、白肯、東湧、西洋、浮鷹、四礵、岱山等八個區公所。
- 民國42年7月，西洋、浮鷹、四礵、岱山相繼陷共。同年8月15日，馬祖行政公署改制為閩東北行署，先設連江縣政府於南竿、長樂縣政府於白犬。
- 民國43年3月，再設羅源縣政府於東引。
- 民國44年7月1日，閩東北行署再改制福建省第一督察專員公署，仍轄三縣。
- 民國45年7月16日，馬祖地區實施戰地政務，撤銷福建省第一督察專員公署以及長樂、羅源兩縣政府，所屬各島劃歸連江縣政府管轄。
- 從民國38年至45年間國共內戰正酣之際，地方官署名稱和轄區多次變更，最後因實施軍管而成立的「連江縣政府」，乃是當時的權宜措施。
由上述可知，連江與馬祖都是當地的正式名稱，只是相對於馬祖只是部分地區的名稱，連江的位階要來得高一層（就像中華民國的位階高於台灣島、澎湖群島、金門群島等土地名稱一樣），也因此才會出現既是馬祖又是連江的地區特色（就好比一個台北人也是台灣人，也是中華民國公民一樣意思）。
由於上世紀中葉在日本戰敗後，共產黨侵蝕中國發動了國共內戰，導致原連江縣一分為二，位於外海的南竿島、北竿島、東引島等地區為中華民國政府所有，位於中國大陸的連江縣主體則為中華人民共和國政府所有。故與兩岸均有的「福建省」相同，兩地亦各有其「連江縣」，為唯一兩岸分治的縣份。
只是近年隨著台灣海峽兩岸趨向和平，軍管狀態逐一解除後，馬祖當地民眾也有提出將名稱統一稱作馬祖，才不會徒增困擾的聲音。例如當馬祖民眾引用《連江縣志》時，須註明「馬祖的《連江縣志》」，否則會變成大陸的《連江縣志》。
但也有另一派聲音認為，如果只是因為名稱跟大陸產生衝突，所以就想要更改自己的名字，這也是國民懦弱的表現，與當地和老天爺搶飯碗的彪悍民風並不相符。
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